يشهد المستشفى الجامعي بقابس ظروفا صعبة للغاية، حيث يعمل قسم الجراحة، بقاعة واحدة من جملة 6 قاعات بالقسم، لا تتوفر فيها المواصفات المطلوبة مما تسبب في تعطيل عمل الأطباء الذين أصبحوا مجبرين على اجراء العمليات الجراحية للحالات المستعجلة فقط دون غيرها، وانعكس سلبا على الخدمات المسداة للمواطنين، وفق ما ذكره به مصدر مسؤول بالمستشفى لوكالة تونس إفريقيا للأنباء.
من جهة أخرى، تشكو وحدة القسطرة القلبية بقسم القلب بهذا المستشفى من نقص فادح في مستلزمات العمل، ما تسبب في عدم الاستجابة لعدد كبير من الحالات التي تتطلب هذا التدخل الطبي. كما يشكو المستشفى من نقص ملحوظ على مستوى طب الاختصاص وخاصة اختصاص الأشعة، وهو ما تسبب لهذه المؤسسة الاستشفائية في اشكاليات عديدة وجعلها محل انتقاد كبير من قبل المواطنين.
وانتقد ذات المصدر تواصل تعطّل أشغال مشروع تقوية أسس وإصلاح هياكل ومباني المستشفى الجامعي بقابس التي انطلقت في بداية سنة 2013، وقد تسبّب هذا التعطّل في عمل المستشفى بنصف طاقة استيعابه، خاصة بعد غلق، منذ ما يزيد عن السنتين، 8 قاعات بكل طابق من طوابقه الستة، إلى جانب غلق عياداته الخارجية بغاية اصلاحها.
وتؤمّن إدارة هذا المستشفى العيادات الخارجية للمستشفى الجامعي بقابس في بناية على وجه الكراء تقع بمكان بعيد نسبيا عن هذا المستشفى، ما يكبد المرضى مصاريف اضافية ويثقل كاهل هذه المؤسسة الاستشفائية بمعلوم كراء يبلغ سنويا 114 ألف دينار.